Восстановление электронной плотности

Нахождение гидрофобных кластеров

Ищем гидрофобные кластеры в структуре кроличьей ГАФД ( 1j0x) Для этого используем сервис Clud со следующими параметрами:

Atom list: strict
Model number (for NMR): 1
All chains selected
Distance threshold: 4.5 Å
Cluster size threshold: 5;

При запуске алгоритма с данными параметрами нашлось 76 кластеров, а больше заданного размера - 42. Два самый больших кластера(Рис.1) представляют собой цепи, объединенные в пары, включая их NAD⁺-связывающие домены В данном случае еще присутствуют гидрофобные контакты между тяжами и спиралями. Кроме того, для каждой цепи быди найдены функциональные домены - каталитический (Рис.2) и NAD⁺-связывающий домены, (Рис.3). Так же обнаружились гидрофобные контакты между цепями (Рис.4-8).

Рис.1. Два самый больших найденных гидрофобных кластера

Рис.2. C-концевой домен каталитический домены

Рис.3. NAD⁺-связывающие домены

Рис.4. Взаимодействия между цепями Q-R и P-Q.

Рис.5. Взаимодействия между цепями O-R.

Рис.19. Взаимодействия между цепями O-Q.

Рис.20. Взаимодействия между цепями P-O.

Рис.21. Взаимодействия между цепями P-R.