Построение поверхности

Построение поверхности, раскраска участка поверхности

Для комплекса димера пуринового репрессора с ДНК (PDB-код 1QP7) с помощью PyMol были созданы изображения:

1) поверхности контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера;
2) поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт;
3) поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.

Рис.1. Изображение димера белка в комплексе с ДНК.

Рис.2. Изображение поверхности контакта между мономерами белка. Контакт определялся расстоянием меньше или равном 5.0 ангстрем. Контакты с ДНК не учитывались.

Рис.3. Изображение поверхности контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт.

Рис.4. Изображение поверхности контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.

С помощью сервиса CluD, были определены гидрофобные кластеры объёмом не менее 10 атомов на поверхности мономеров белка в том же комплексе (Рис. 5) - их 4.

Рис.5. Гидрофобные кластеры между мономерами, найденные CluD.

Рис.6. Изображение поверхностей атомов мономера белка, образующих гидрофобные контакты с другим мономером. Атомы, входящие в гидрофобные кластеры, найденные CluD, окрашены синим и желтым.