Сравнение доменов SCOP и Pfam

Для человеческого кальмодулина (Uniprot ID CALM_HUMAN, PDB структура 1CLL) найдем границы доменов в SCOP и Pfam. В базе данных Pfam обнаружилось два домена EF-hand с координатами координаты 7-73 и 85-146. Поиск по SCOP не дал точных данных относительно координат, но в классификации написано, что имеется две пары кальций-связывающих доменов EF-hands, а для остальных записей определил координаты как почти весь белок целиком, начиная недалеко от начала цепи. Согласно разметке Uniprot, небольшой бета-тяж+петля+кусочек альфа-спирали составляют центр связывания кальция,а две пары кальций-связывающих доменов (домены идут один за другим) разделены альфа-спиральным участком.

Рис.1. Домены Pfam (слева) и SCOP (справа).

Рис.2. Классификация SCOP.

Рис.3. Домены Uniprot.

Рис.4. Домены Uniprot.

Рис.5. Участки связывания кальция Uniprot.

Рис.6. Домены Pfam (красные, 7-73, 85-146).

Рис.7. Домены Uniprot (голубым, 8-43, 44-79, 81-116, 117-149; синим - кальций-связывающие центры).