Задание 1. Белковый домен DEAD
Из таблицы доменов за 2023 год я выбрал домен с ID: DEAD
AC: PF00270
Summary name: DEAD/DEAH box helicase
Последовательностей в выравнивании у него 181 (>20), а структур у него 613 (>3). Поэтому он подходит под условия задания.
Задание 2. Описание домена с использование программы Jalview
| Информация | Комментарии | |
|---|---|---|
| Выравнивание seed |
Число последовательностей: 181
Число колонок: 554 |
|
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | Колонки 315-319 | Окно в Jalview MDB_ALL |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 100% консервативных нет | Окно в Jalview MDB_ALL :В блоке 315-ая и 319-ая колонки функционально консервативны |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) |
1-35 последовательности 376-483 колонки |
Окно в Jalview MDB_NOTALL | 100% консервативные колонки в МДБ-notAll |
376:G 380:G 431-432:GR 471-474:DEAD |
Окно в Jalview MDB_NOTALL 420:T(34 из 35) 435:D(34 из 35) 482:G(34 из 35) 483:F(34 из 35) |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 389-399 колонки | Окно в Jalview MDB_NOTALL Колонки низкоконсервативны, в блоке имеются гэпы, и между любыми двумя последовательностя не прослеживается сходства (кроме 2 последовательностей полностью состоящих из гэпов) |