A- и В- формы ДНК. Структура РНК

Задание 1. Построение структур ДНК

Структура A-формы ДНК из 5 повторов GATC

Структура B-формы ДНК из 5 повторов GATC

Структура Z-формы ДНК из 10 повторов GC

Задание 2. Анализ экспериментальной и теоретической ДНК

Я выбрал экспериментальную B-форму ДНК (1BNA)

Остаток: dC-21(дезоксицитидин-21)

В сторону большой бороздки обращены атомы азотистого основания: N3, C4 (N4 тоже соотвественно), C5 и C6

В сторону большой бороздки обращены атомы азотистого основания: C1 и C2 (O2 тоже соответственно)

Рис.1 - Расположение цитозина в экспериментальной структуре B-формы ДНК
Таблица 1 - Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков
A-форма B-форма Z-форма
Тип спирали (правая или левая) Правая Правая Левая
Шаг спирали (Å) 28 33.8 43.5
Число оснований на виток 11 10 12
Ширина большой бороздки 8 (5dG-30dA) 17.2 (6dA-32dC) 18.3 (10dC-28dC)
Ширина малой бороздки 16.8 (13dG-32dA) ( 11.7 (13dG-32dC)( 9.9 (10dC-35dG)

Задание 3. Определение параметров нуклеиновых кислот

Упражнение 1. Определение торсионных углов

Таблица 2.1 - Торсионные углы в гуанине
Форма нуклеиновой кислоты Alpha Beta Gamma delta epsilon zeta chi
tRNA -21.74 63.63 78.59 84.09 -110.93 -58.81 -83.19
aDNA -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
bDNA -29.9 136.34 31.14 143.34 -140.8 -160.5 -98.0
zDNA 51.93 179.0 -173.8 94.9 -103.6 -64.8 58.7
Таблица 2.1 - Торсионные углы в цитозине
Форма нуклеиновой кислоты Alpha Beta Gamma delta epsilon zeta chi
tRNA -24.77 -18.81 26.04 85.71 -147.78 -61.79 -140.2
aDNA -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
bDNA -29.9 136.34 31.14 143.34 -140.8 -160.5 -98
zDNA -139.5 -136.76 50.87 137.6 -96.5 81.97 -154.3
Таблица 2.3 - Торсионные углы в аденине
Форма нуклеиновой кислоты Alpha Beta Gamma delta epsilon zeta chi
tRNA -81.12 -4.22 45.35 88.04 -114.51 -37.6 -115.97
aDNA -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
bDNA -29.9 136.34 31.14 143.34 -140.8 -160.5 -98
zDNA
Таблица 2.4 - Торсионные углы в урациле/тимине
Форма нуклеиновой кислоты Alpha Beta Gamma delta epsilon zeta chi
tRNA -64.96 39.64 48.48 82.38 -111.34 -83.99 -130.09
aDNA -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2
bDNA -29.9 136.34 31.14 143.34 -140.8 -160.5 -98
zDNA