from Bio import AlignIO
file1 = input("Имя входного файла: ")
file2 = input("Имя выходного файла: ")
in_file = open(file1, "r")
out_file = open(file2, "w")
alignment = AlignIO.parse(in_file, "fasta")
AlignIO.write(alignment, out_file, "phylip-relaxed")
in_file.close()
out_file.close()