Ферменты и метаболические пути. База данных KEGG.
Задание 1. Работа с KEGG PATHWAY.
Общие сведения о метаболическом пути 300
Ссылка на карту метаболического пути в базе данных KEGG: map00300. Установлено, что в организме лизин определяет не только биологическую ценность белка. Аминокислота выполняет много и других биохимических функций - она способствует секреции пищеварительных ферментов и транспорту кальция в клетки, улучшает общий азотный баланс в организме.
Биосинтез лизина микроорганизмами (диаминопимелиновый путь) начинается с аспарагиновой кислоты и проходит через диаминопимелиновую кислоту. Другой путь синтеза лизина начинается с гомоцитарной кислоты. Связанные с биосинтезом лизиина пути выделены рамочками одинаковых цветов с соединениями, через которые пути пересекаются.
Метаболический путь 300 в разных доменах жизни
Архея Methanocaldococcus jannaschii Euryarchaeota; Methanocaldococcus
Метаболический путь лизина в данной архее представлен только диаминопимелиновым путем (верхним). Есть лишь несколько ферментов из второго пути (гомоцитарной кислоты), поэтому биосинтез лизина через этот путь не идет.
Бактерия Escherichia coli K-12 MG1655 (Кишечная палочка) Enterobacteria; Escherichia
В кишечной палочке осуществляется также только диаминопимелиновый путь, ферменты другого пути вообще не представлены.
Эукариот Branchiostoma floridae (Ланцетник) Vertebrates; Lancelets
У ланцетника представлены лишь два отдельных фермента из всего метаболического пути лизина, поэтому биосинтез лизина не наблюдается.
Реакция R01773 окисления гомосерина НАД+ до L-аспартата 4-полуальдегида в базе данных KEGG (1.1.1.3, выделено красным)
Уравнение реакции: L-Homoserine + NAD+ <=> L-Aspartate 4-semialdehyde + NADH + H+
