PyMol. Электронная плотность.
Задание 1.
В данном задании нужно было получить изображение, отражающее взаимодействие лиганда T0J с с главной протеазой SARS-CoV-2 (PDB ID 5RE5). Его можно увидеть ниже. Pymol сессия
Рис.1 Сайт взаимодействия лиганда T0J с главной протеазой SARS-CoV-2
Задание 2.
В этом задании требовалось сравнить качество электронных плотностей для двух кристаллографических расшифровок белка FABP3 (белка, связывающего жирные кислоты сердечного типа, у человека) с PDB ID 4TKB и 3RSW. В случае структуры 4TKB электронная плотность имеет более четкие сферические очертания, в то время как для 3RSW очертания электронной плотности более резкие, размытые. Это означает, что разрешение первой структуры лучше, что согласуется с данными сайта PDB: разрешение 4TKB 0,86 A, 3RSW - 2,60 A.
Рис.2а Фрагмент карты электронной плотности для структуры 4TKB. Уровень подрезки 2.
Рис.2б Фрагмент карты электронной плотности для структуры 3RSW. Уровень подрезки 2.
Задание 3.
Здесь на примере структуры из задания 1 строились карты электронных плотностей для всего остова протеазы на разных уровнях подрезки. При переходе от 1 к более высоким уровням подрезки первыми утрачивают покрытие переферические области молекулы. Это логично, поскольку переферические части более подвижны, чем внутренние, и их электронная плотность размывается.
Рис.3а Карта электронной плотности главной протеазы SARS-CoV-2. Уровень подрезки 1.
Рис.3б Карта электронной плотности главной протеазы SARS-CoV-2. Уровень подрезки 2.
Рис.3в Карта электронной плотности главной протеазы SARS-CoV-2. Уровень подрезки 3.
Задание 4.
При выполнении этого задания строилась электронная плотность вокруг лиганда T0J на разных уровнях подрезки. Уже на уровне подрезки 1 не все атомы покрыты электронной плотностью. На уровне подрезки 2 лиганд становится полностью не покрыт. Можно заметить, что атомы С при увеличении подрезки теряют покрытие плотностью быстрее, чем атомы O, N, S. Наблюдение согласуется с теорией о том, что чем большим количеством электронов обладает атом, тем большую он имеет электронную плотность.
Рис.3а Карта электронной плотности главной протеазы SARS-CoV-2. Уровень подрезки 1.
Рис.3б Карта электронной плотности главной протеазы SARS-CoV-2. Уровень подрезки 2.
Рис.3в Карта электронной плотности главной протеазы SARS-CoV-2. Уровень подрезки 3.
