Практикум 3.
С помощью blastp и базы белков, созданной makeblastdb, были найдены белки, гомологичные белку CLPX_ECOLI (e-value 0.001). Последовательности были выровнены с помощью программы Muscle, дерево построено с помощью MEGA методом Maximum-likelihood.
Белки в рамках разных цветов являются ортологичными. Например, белки из синей, зеленой, фиолетовой и красной рамок ортологичны. Кластеризация белков в эти группы соотвествует разделению путей эволюции белков в результате видообразования. Белки одного организма из этих групп являются паралогами. Например, CLPX_AGRFC и HSLU_AGRFC, A1B8N4_PARDP и HSLU_PARDP. Так как паралоги - это результат дупликации генов, то пары этих паралогов служат примерами дупликации.