STRUCTURE OF SARS-COV-2 NUCLEOCAPSID DIMERIZATION DOMAIN, P1 F

Скрипт доступен к скачиванию по ссылке.

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-H-O (°)
Альфа-спирали
O(345ASN)-N(349GLN) 2.90 152.75
O(350VAL)-N(354ASN) 2.92 163.86
O(346PHE)-N(350VAL) 2.99 156.05
Бета-слои
O(332THR)-N(321GLY) 2.97 156.34
O(321GLY)-N(332THR) 2.84 147.39
O(TRP330)-N(323GLU) 2.79 160.99

Типичные параметры водородных связей

Стандартная длина водородных связей в белке находится в пределах 2.7-3.0 Å (King & Mobli, 2010). Все замеры в данном домене белка нуклеокапсида вируса SARS-CoV2 попадают в этот диапазон.

Угол между атомом азота и кислорода с атомом водорода в вершине равен в альфа-спирале примерно 155° и 160° в бета-листах (Lipsitz et al., 2002). В измеренных альфа-спиралях среднее значение примерно соответствует литературным данным. В бета-листе два измерения меньше стандартного значения, а одно ему соответствует.

  1. Glenn F. King, Mehdi Mobli (2010) Derivation of Peptide and Protein Structure using NMR Spectroscopy // Comprehensive Natural Products II. V. 9, P. 279-325.
  2. Rebecca S. Lipsitz, Yugal Sharma, Bernard R. Brooks and Nico Tjandra (2002) Hydrogen Bonding in High-Resolution Protein Structures: A New Method To Assess NMR Protein Geometry // Journal of the American Chemical Society, 124, 35, 10621-10626.