Страница третьего семестра

Практикум 2

Параметры структуры в разных двойных спиралях ДНК

Изображение тимина, в котором красным цветом показаны атомы, обращённые в сторону большой бороздки B-формы из pdb-структуры 1bna, а синим – в сторону малой.

Ссылки для загрузки сгенерированных с помощью программы fiber пакета 3DNA структур A-, B- и Z-форм.

Тимин в B-форме: в сторону большой бороздки смотрят атомы C4, C5, C6, C7, N1, O4; в сторону малой бороздки – C2, N3 и O2.

	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	31	33	43
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)	11 (5:B.P-4:A.P)	17,4 (6:A.P-16:B.P)	15,7 (6:A.P-10:B.P)
Ширина малой бороздки (Å)	15,8 (12:A.P-5:B.P)	13 (23:B.P-6:A.P)	8,2 (3:A.P-9:B.P)

Структура тРНК

Приведена информация для тРНК, находящейся в pdb-структуре с кодом 1g59, полученная с помощью программ find_pair и analyze пакета 3DNA. Выходной файл программы analyze доступен для скачивания по ссылке.

Атомы, образующие стебли:

(501.G-507.A:572.C-566.U)
(549.G-553.C:565.C-561.C)
(539.G-543.G:531.C-527.C)
(510.G-512.C:525.C-523.G)

Неканонические пары:

502.G-571.U
554.U-558.A
555.U-517.G
538.A-532.C
544.A-526.G
513.U-522.G
508.U-546.A
515.G-548.C

Дополнительные водородные связи есть между основаниями:

555.U-517.G
515.G-548.C