В таблице приведено сравнение реальной структуры водородных связей в молекуле тРНК из pdb-структуры 1g59 комплекса с белком с предсказанными структурами программой einverted пакета emboss и программой RNAfold по алгоритму Зукера (4 попытки на подбор параметров).
| Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера | |
| Акцепторный стебель | 5'-501-507-3' 5'-566-572-3' Всего 7 пар |
Предсказано 5 пар из 7 реальных | Предсказано 7 пар из 7 реальных |
| D-стебель | 5'-510-512-3' 5'-523-525-3' Всего 3 пары |
Предсказано 3 пары из 3 реальных | Предсказано 5 пар из 3 реальных |
| T-стебель | 5'-549-553-3' 5'-561-565-3' Всего 5 пар |
Предсказано 0 пар из 5 реальных | Предсказано 5 пар из 5 реальных |
| Антикодоновый стебель | 5'-527-531-3' 5'-539-543-3' Всего 5 пар |
Предсказано 5 пар из 5 реальных | Предсказано 5 пар из 5 реальных |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 | 13 | 20 |
Ссылка для скачивания скрипта JMol.
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 2 | 7 | 9 |
| остатками фосфорной кислоты | 11 | 8 | 19 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 1 | 8 | 9 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Иллюстрация контактов оператора гена дифтерийного токсина и белка-репрессора (контакты ДНК-белок), полученная с помощью программы nucplot на основе pdb-структуры 1ddn.
