pano

Нуклеотидные банки данных

Задание 1

Кумжа (Salmo trutta) – рыба семейства лососевых, достигающая длины 117 см и массы 24 кг. Выделяют три экологические формы этого вида: проходная, озёрная и ручьевая, которые могут переходить друг в друга. Эта рыба родом из Европы сейчас, благодаря человеку, обитает в Африке, Индии, Северной и Южной Америке, Австралии, а также на многих островах и архипелагах (Новая Зеландия, Тасмания, Хоккайдо, Хонсю, Фолькленды, Кергелен, Новая Джорджия и др.).

Кумжа (ссылка на изображение в источнике)

Есть две версии сборки, относящиеся к одному и тому же проекту (fSalTru1.1 и fSalTru1.2).

Секвенирование этого генома было частью проекта "25 Genomes for 25 Years" от Wellcome Sanger Institute к 25-летнему юбилею последнего, в ходе которого были отсеквенированы полные геномы 25 организмов, обитающих в Великобритании.

Ссылка на контиг

Задание 2

Запрос: 

((Podoviridae[Organism]) AND 10000:20000[Sequence Length]) AND complete genome
находок 36

Можно искать так: 

("complete"[Properties]) AND (((Podoviridae[Organism]) AND 10000:20000[Sequence Length]))
находок 29

Файл с CDS можно получить, нажав в правом верхнем углу записи на "Send to" и выбрав Coding Sequences и формат FASTA (но скачается расширение .txt, его можно переименовать в .fasta)

Задание 3

sig_peptide

Сигнальная последовательность N-концевого домена секретируемых белков, распознаваемая SRP (Signal Recognition Particle), которая обеспечивает транспорт рибосомы на ЭПР.

ACCESSION   LR994623
FEATURES             Location/Qualifiers
     sig_peptide     1..63
                     /note="protein motif:SignalP_5.0"

stem_loop

Участок одноцепочечной ДНК или РНК, формирующий шпильку.

ACCESSION   OK667777
FEATURES             Location/Qualifiers
     stem_loop       13422..13449
                     /gene="ORF1ab"
                     /note="Coronavirus frameshifting stimulation element
                     stem-loop 1"
     stem_loop       13434..13488
                     /gene="ORF1ab"
                     /note="Coronavirus frameshifting stimulation element
                     stem-loop 2"

V(D)J-рекомбинация

Далее идут ключи трёх сегментов (V-segment, D-segment и J-segment), участвующих в рекомбинации, благодаря которой обеспечивается разнообразие антител и Т-клеточных рецепторов. Рекомбинация происходит при созревании B- и Т-лимфоцитов. Все три взяты из записи локуса тяжелой цепи иммуноглобулина на 14 хромосоме человека.

ACCESSION   NG_001019
FEATURES             Location/Qualifiers
     V_segment       join(726262..726307,726411..726723)
                     /gene="IGHV3-15"
                     /gene_synonym="IGHV315; VH"
                     /standard_name="IGHV3-15"
                     /db_xref="GeneID:28448"
     D_segment       1014784..1014794
                     /gene="IGHD7-27"
                     /gene_synonym="DHQ52; IGHD727"
                     /standard_name="IGHD7-27"
                     /db_xref="GeneID:28484"
     J_segment       1016880..1016930
                     /gene="IGHJ3P"
                     /gene_synonym="Jpsi3"
                     /standard_name="IGHJ3P"
                     /pseudo
                     /db_xref="GeneID:28478"

mobile_element

Определяет участок генома, содержащий мобильный элемент.

ACCESSION   MZ092698
FEATURES             Location/Qualifiers
     mobile_element  1..6014
                     /mobile_element_type="LINE:1"

rep_origin

Указывает на участок, содержащий ориджин репликации (место начала репликации).

Ориджин репликации в геноме митохондрии шерстистого мамонта:

ACCESSION   MZ325504
FEATURES             Location/Qualifiers
     rep_origin      5162..5198
                     /note="label: rep origin"
                     /direction=left

Ссылки на использованные ресурсы