3D-Structure

Описание пространственной структуры белка CAPP_ECOLI по данным банка PDB

Полное название белка – Phosphoenolpiruvate carboxylase, в дальнейшем будет использоваться сокращённое название исследуемого белка – CAPP_ECOLI.
Метод определения структуры: PCA с разрешением 2,35 Å. (см. PDB файл 1jqn.pdb).

Диаметр белка равен 91,63 Å (посчитано с помощью программы RASMOL), 91,63·10^-10[м], 4,6·10^-5[бактерии E.coli] (посчитано исходя из того, что диаметр одной бактерии E.coli равен 2 мкм.

На данном изображении показана общая пространственная структура белка CAPP_ECOLI, а также гетероатомы и молекулы воды, связанные с ним. Сплошной тёмной линией обозначена единственная цепь белка. Из гетеро- атомов и молекул здесь можно увидеть 3,3-Дихлоро-2-фофонометилакриловую кислоту (DCO), а также множество синих шариков, которые, как Вы уже догадались, соответствуют молекулам воды.

Далее представлен скрипт, который, если вдруг Вы наберёте в программе RASMOL, отобразит изображение, увиденное Вами выше (без подписей). Подписи на рисунке можно было сделать непосредственно в RASMOL c помощью команды label, однако визуально мне показалось, что RASMOL подписывает названия хуже, чем это делает AdobePhotoshop.


    background white
    select all
    backbone 50
    select dco
    wireframe 200
    color cpk
    select hetero and not dco and not water and not asp
    spacefill
    color purple
    select water
    color blue