На главную

База данных InterPro

InterPro - это база данных белковых семейств, доменов и функциональных сайтов, идентифицированные структуры которых для изученных уже белков могут быть применимы для последовательностей неизвестных белков.

Был проведён поиск в БД по АСС белка фосфоенолпируват карбоксилазы и выбрана запись, ибо она имела наибольшее количество подписей. Данная запись с идентификатором IPR001449 и полным именем "IPR001449 Phosphoenolpyruvate carboxylase" даёт сведения из базы данных по семейству белков PEPCase, характерным для него доменом и пр. Общее количество белков, в которых обнаружены соответствующие мотивы, равно 923. Опишем подробно структуру документа InterPro. В документе имеются следующие поля:

  1. Matches: Соответствие запроса документам и записям, относящимся в других базах данных к сигнатурам белка в его последовательности.
  2. Accession: Accession Number, номер-индентификатор для каждой записи БД InterPro.
  3. Type: Семейство, домен, поворот или сайт.
  4. Signatures: Ссылки на информацию соответствующие записи данного типа в других базах данных. Родственные подписи, которые либо содержут данную, либо вложены в неё.
  5. Process: Процесс, к которому приурочены белки данного семейства.
  6. Function: Функция белков семейства, домена, сайта и пр.
  7. Abstract: Краткое описание доменов, общих характеристик для белков.
  8. Structural links: Ссылки на данные о структуре белков, доменов, сайтов и пр. согласно базам PDB, CATH, SCOP.
  9. Database links: Ссылки на документы других баз данных.
  10. Taxonomic coverage: Вид такономического разнообразия последовательностей, соответствующих каждой записи в InterPro.
  11. Example proteins: Примеры белков, показывающие как можно большее разнообразие в структуре, функциях и таксономии для данной записи в InterPro.
  12. Publications: Публикации, ссылки на литературу.
  13. Additional Reading: Дополнительная литература.

    Родство с другими подписями.

    База данных ID Имя Кол-во белков Характер родства
    Pfam PF00311 PEPcase 916 Содержится
    PRINTS PR00150 PEPCARBXLASE 573 Содержит в себе
    PROSITE pattern PS00393 PEPCASE_2 335 Содержит в себе
    PROSITE pattern PS00781 PEPCASE_1 363 Содержит в себе


    Опиcание всех подписей в фосфоенолпируват карбоксилазе (CAPP_ECOLI), собранных в БД InterPro.



    Название подписи Положение в последовательности CAPP_ECOLI Полное название базы данных Название организации, поддерживающей данную БД Город и страна
    PEPcase 1-883 Pfam Wellcome Trust Sanger Institute Великобритания, Кембридж
    PEPCARBXLASE 133-146; 186-202; 245-260; 386-406; 535-555; 577-606; 709-735; PRINTS The University of Manchester Bioinformatics Великобритания, Манчестер
    PEPCASE_2 537-549 PROSITE Swiss Institute of Bioinformatics Швейцария, Женева
    PEPCASE_1 134-145 PROSITE Swiss Institute of Bioinformatics Швейцария, Женева


    ©Чебышева Анна, 2005