Мотивы в белке CAPP_ECOLI, описанные в БД Prosite

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00781	PEPCASE_1	Активный сайт-1 фосфоенолпируват карбоксилазы; H - активный остаток сайта	Паттерн	[VTI]-x-T-A-H-P-T-[EQ]-x(2)-R-[KRHAQ]	Да	1
PS00393	PEPCASE_2	Активный сайт-2 фосфоенолпируват карбоксилазы; K - активный остаток сайта	Паттерн	[IVLC]-M-[LIVM]-G-Y-S-D-S-x-K-[DF]-[STAG]-G	Да	1
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	Сайт N-гликозилирования	Паттерн	N-{P}-[ST]-{P}	Нет	4
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования киназы С	Паттерн	[ST]-x-[RK]	Нет	15
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования киназы II; S или T - сайт фосфорилирования	Паттерн	[ST]-x(2)-[DE]	Нет	12
PS00004	CAMP_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования cAMP- и cGMP-содержащик белков; S или T - сайт фосфорилирования	Паттерн	[RK](2)-x-[ST]	Нет	2
PS00008	MYRISTYL	сайт N-миристоилирования	Паттерн	G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}	Нет	16
PS00003	SULFATION	Сайт сульфатации тирозина	Правило (*)	Описание правила (*)	Нет	1
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования тирозин киназы; Y - сайт фосфорилирования	Паттерн	[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Yor[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y	Нет	1

По результатам поиска в базе данных PROSITE было найдено два специфичных мотива: активный сайт-1 и активный сайт-2 фосфоенолпируват карбоксилазы. Эти мотивы характерны только для белков данного семейства PepCase и являются участками последовательности белков нашего семейства, определяющими их функции. По соответствующим паттернам легко можно найти все белки одного семейства с CAPP_ECOLI.
Все остальные мотивы неспецифичны, то есть могут встречаться как у белков семейства PepCase, так и у белков других семейств. Неспецифичных мотивов оказалось, очевидно, намного больше. По соотвествующим паттернам мы можем найти белки с такими же мотивами. Это позволит нам искать белки из разных семейств, обладающие одним и тем же мотивом.
Один мотив оказался описываемым не паттерном, а правилом (RULE). Паттерна, видимо, для данного правила ещё не разработано. Как я понимаю, паттерны составляются именно на основе выясниненных биохимическими, физическими, химическими и пр. путями правил и закономерностей, характерных для данного мотива.

(*) Правило для сайта сульфатации тирозина (PS00003):
1. Наличие кислого остатка (глутаминовой или аспарагиновой кислоты) в пределах двух остатков от тирозина (обычно в положении -1).
2. Наличие по крайней мере трех кислых остатков в позиции от -5 до +5.
3. Не более одного основного и трех гидрофобных остатков в позиции от -5 до +5.
4. Наличие образующих поворот аминокислотных остатков: по крайней мере одного пролина или глицина (аминокислоты с наибольшей способностью образовать поворот) от -7 до -2 и от +1 до +7, или, по крайней мере, двух или трех остатков аспарагиновой кислоты, серина или аспарагина от -7 до +7.
5. Отсутствие дисульфидных связей между цистеиновыми остатками от -7 до +7.
6. Отсутствие N-связанных (ковaлентно связанных с азотом) гликанов (основных компонентов клеточной стенки бактерий, это полимеры, состоящие из N-глюкозамина и муреиновой кислоты) рядом с тирозином.
7. Необхoдимо отметить, что сульфатирование тирозина физиологически имеет отношение только для белков или доменов, проходящих через, или расположенных в полости комплекса Гольджи.