Учебный сайт Грызунова Никиты

I семестр, практикум №5

Описание (2Z,6E)-хедикариолсинтазы из протеома бактерии Kitasatospora setae KM-6054.

Описание 5 практикума.
1. Сделать отчёт о выданном белке.
2. Привести геномное окружение.

Основная информация о белке

Оформил в виде таблицы то, что узнал о белке в процессе выполнения предыдущего практикума. Информация о выданном белке приведена в таблице 1.

Таблица 1. Описание (2Z,6E)-хедикариолсинтазы из генома бактерии Kitasatospora setae KM-6054.
Идентификатор белка BAJ25873.1
Идентификатор генома AP010968.1
Название белка (2Z,6E)-hedycaryol synthase
Координаты гена в геноме 31737..32753
Длина гена (п.н.) 1017
Цепь Обратная
Длина белка (а.о.) 338

Загрузить файл с последовательностью BAJ25873.1.
Открыть файл с последовательностью BAJ25873.1 в новой вкладке.
Открыть последовательность BAJ25873.1 на NCBI

Данный белок является ферментом, который катализирует превращение (2E,6E)-фарнезил дифосфата (FPP) в (2Z,6E)-хедикариол посредством 1,11-циклизации. Этот фермент включён в процесс биосинтеза терпеноидов, который является частью синтеза вторичных метаболитов у бактерии.
Предположительно, эти терпеноиды нужны для дифференциации мицелия в процессе развития колонии актиномицета. Прежде всего она проявляется в делении на первичный (субстратный) и вторичный (воздушный) мицелий. Воздушный толще, он гидрофобен. Возможно, терпеноиды повышают эту гидрофобность.

Геномное окружение гена белка

Информация о геномном окружении белка приведена в рисунке 1.

геномное окружение
Рисунок 1. Геномное окружение гена белка (2Z,6E)-хедикариолсинтазы (идентификатор белка BAJ25873.1). Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI. Гены изображены в виде красных прямоугольников. Стрелочки внутри них - направление считывания. Выше изображены рамки считывания (+1, +2, +3, -1, -2, -3). Старт-кодоны - зелёные полоски, а стоп-кодоны - красные.

Из рисунка 2 можно заметить, что ген с идентификатором AP010968.1 соседствует с двумя генами белков с идентификаторами BAJ25872.1 и BAJ25871.1. Открытая рамка считывания для гена с идентификатором AP010968.1 -3.

В рамках данного практикума я научился пользоваться геномным браузером. Когда приеду домой, буду всем знакомым показывать, как я умею сёрфить c помощью него (конечно, на этом его применение не будет заканчиваться:D).