| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
| # | Имена атомов | Длина связи N-O (Å) | Угол N-O-C (°) |
| 310-спирали * | |||
| 1 | N(055ASP:B)-O(052SER:B) | 2,81 | 135,6 |
| 2 | N(049VAL:B)-O(046LEU:B) | 2,92 | 123,9 |
| 3 | N(052SER:A)-O(055ASP:A) | 2,82 | 136,3 |
| 4 | N(156GLN:B)-O(153TRP:B) | 3,13 | 117,0 |
| 5 | N(155SER:B)-O(152ASP:B) | 3,05 | 119,4 |
| * | Среднее | 2,95 | 126,4 |
| Бета-тяжи | |||
| 1 | N(044ILE:A)-O(125LEU:B) | 2,88 | 148,7 |
| 2 | N(143ARG:A)-O(086GLU:A) | 2,76 | 154,8 |
| 3 | N(099ASP:A)-O(149TYR:A) | 3,04 | 152,8 |
| 4 | N(148THR:A)-O(081GLY:A) | 2,88 | 132,4 |
| 5 | N(110ASP:B)-O(137SER:B) | 2,91 | 158,8 |
| * | Среднее | 2,89 | 149,5 |
Выводы, заключение
Обработав данные о длинах (N-O) и углах (N-O-C) водородных связей я выявил, что средняя длина водородной связи в 310-спиралях * белка составляет 2,95 Å, в бета-тяжах – 2,89 Å. Средний угол: альфа-спирали - 126,44°, бета-тяжи – 149,5°.
Средняя длина водородных связей этих вторичных структур близка к средним для всех белков 3 Å, к тому же, все связи довольно прочные ("strong, mostly covalent" - "moderate, mostly electrostatic", [1]) Надо заметить, что в 310-спиралях водородные связи все же более короткие, чем в бета-тяжах, следовательно, они и более прочные.
С углами все несколько сложнее. Измеренные углы - углы N-O-C. Из рекомендаций ИЮПАКа [2] говорится об углах N-H-O, для них оптимальная величина - 180± 45º. Но так как вся структура N-H-O-C в лучшем случае выстраивается в одну прямую, то и угол N-O-C должен быть приблизительно развернутым - 180±35º. К тому же углы водородных связей не могут быть меньше 110º. Углы в бета-тяжах более соответствуют этим требованиям. Однако не все так просто - *, и о каких-то адекватных выводах говорить нельзя, так как количество измерений мало.
* - В молекуле по PDB-идентификатору "4AXO" нет ни одной альфа-спирали. Есть только довольно короткие 310-спирали, поэтому все измерения, связанные с водородными связями на альфа-спиралях мне пришлось делать на 310-спиралях, а не на альфа-спиралях.
Использованная литература
1. Jeffrey, George A., An introduction to hydrogen bonding, Oxford University Press, 1997.
2. Elangannan Arunan, Gautam R. Desiraju, Definition of the hydrogen bond
(IUPAC Recommendations 2011).
