Практикум #10. Парные выравнивания
16 апреля 2019 г.
Практикум #10.
В этой работе мы познакомились с выравниваниями
последовательностей.
Для выполнения работы было использовано программное обеспечение с открытым исходным кодом
Emboss, а
именно:
-
Комманда needle
– глобальное выравнивание; -
Комманда transeq
– трансляция (создание аминокислотной последовательности в соответствии с нуклеотидной последовательностью). -
Комманда infoalign
– информация о последовательностях;
Задание. Исследование влияния на последовательности белков локальных мутаций в кодирующий последовательности
Что было сделано?
Сначала нашли полную последовательность (2Z,6E)-хедикариолсинтазы из генома бактерии Kitasatospora setae KM-6054. Затем произвели мутации в исходной последовательности и сохранили их в отдельных файлах. Производили парные выравнивания исходной последовательности с каждой мутированной.Выполненная работа:
Точные параметры выполненных выравниваний – в таблице pr10_alignments.xlsx.Обсуждение результатов
Мы можем выявить несколько закономерностей и явлений:- Если мутация в одном кодоне выражается только в замене третьего нуклеотида, то есть большая вероятность того, что мутация окажется синонимической (из-за вырожденности генетического кода).
- Если произошла инсерция или делеция количества нуклеотидов, не кратного трем, то такая мутация, скорее всего, является критической (последовательность белка после места делеции сильно изменяется, здесь белок может оборваться, так как в кодирующей последовательности случайно может образоваться стоп-кодон), так как она нарушает рамку считывания.
- Вставка или делеция количества нуклеотидов, кратного трем, может привести к двум исходам. Если мутация началась с первого нуклеотида кодона (открытой рамки считывания), то близлежащие к мутации аминокислоты не изменяются. Если не так, то близлежащие аминокислоты могут измениться.