Учимся работать с геномными браузерами Ensembl и UCSC (University of California Santa Cruz)
Для поиска в браузере необходимо было выбрать ген, кодирующий белок человека. Этим геном стал MAPK10. Информация по гену приведена в таблице 1.
| Имя гена | MAPK10 |
|---|---|
| ID в GENCODE | ENSG00000109339.23 |
| Цепь | обратная |
| Хромосома | 4 |
| Плечо | Длинное |
| Полоса | 21.3 |
| Число продуктов | 192 |
| ID в GENCODE транскрипта 1 | ENST00000641010.1 |
| Координаты в хромосоме | 85,990,007-86,360,060 |
| Число экзонов | 15 |
| Длина белка | 473 |
| ID в GENCODE транскрипта 2 | ENST00000641324.1 |
| Координаты в хромосоме | 85,990,138-86,360,051 |
| Число экзонов | 15 |
| Длина белка | 435 |
| ID в GENCODE транскрипта 3 | ENST00000641102.1 |
| Координаты в хромосоме | 85,999,848-86,360,053 |
| Число экзонов | 15 |
| Длина белка | 551 |
Distance Matrix
---------------
Uncorrected for Multiple Substitutions
Using base positions 123 in the codon
Gap weighting is 0.000000
1 2
0.00 1.34 homo_sapiens_1-293057 1
0.00 pan_troglodytes_1-293057 2
Следовательно, в выравнивании процент замен равен 1,34 (то есть 1,34 различий на 100 нуклеотидов). Исходя из того, что в полномаштабном сравнении геномов(1) процент замен составляет 1.24% ± 0.07%, можно сказать, что APP довольно слабо различается между человеком и шимпанзе относительно средней разницы.
Вернуться на страницу семестра