Практикум 1. Филогенетическое дерево.

Отобранные бактерии

Скобочная формула дерева

((((((BACAN, BACSU), GEOKA), LISMO), STAES), (ENTFA, LACDA));

Изображение дерева

Ветви дерева

Нетривиальные деревья:

• {ENTFA, LACDA} против {STAES, LISMO, GEOKA, BACAN, BACSU}
• {ENTFA, LACDA, STAES} против {LISMO, GEOKA, BACAN, BACSU}
• {ENTFA, LACDA, STAES, LISMO} против {GEOKA, BACAN, BACSU}
• {ENTFA, LACDA, STAES, LISMO, GEOKA} против {BACAN, BACSU}

Практикум 2. Реконструкция филогении

Нетривиальные ветви и таксоны:

Было выбрано семейство триггер-факторов с мнемоникой TIG, и на основе последовательностей этих белков были построены 3 древа:

• ((((BACAN,GEOKA),BACSU),STAES),LISMO,(LACDA,ENTFA)); - Maximum Likehood method
• ((((BACAN,GEOKA),BACSU),STAES),LISMO,(LACDA,ENTFA)); - Neighbor-Joining method
• ((((BACAN,GEOKA),BACSU),STAES),LISMO,(LACDA,ENTFA)); - Minimum Evolution method