Для выполнения этого задания были выбраны последовательности Козак Danio rerio (Grzegorski et al., PLoS ONE 9(9): e108475, 2014.) - [1]
Ссылка на файл с кодом для подсчета таблицы PWM: script.py task2.ipynb
Ссылка на файл с таблицой PWM: Gryzunov_PWM.csv
| -3 | -2 | -1 | 1 | 2 | 3 | 4 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | 0.757093 | 0.372247 | 0.118013 | 1.180908 | -1.216988 | -1.216988 | 0.006788 |
| C | -0.347365 | 0.441092 | 0.773226 | -0.752830 | -0.752830 | -0.752830 | 0.035627 |
| G | 0.582171 | 0.240422 | 0.555503 | -0.752830 | -0.752830 | 1.645065 | 0.969936 |
| T | -0.811523 | -0.085586 | -0.523841 | -1.216988 | 1.180908 | -1.216988 | -0.223736 |
Для поиска сайтов регуляции разрывной транскрипции sgmRNA был выбран Magpie-robin coronavirus HKU18
Ссылка на html с результатом работы программы MEME
Ссылка на txt с результатом работы программы MEME
Вернуться на страницу семестра