#pattern name	sequence name	start	stop	score	p-value	q-value	matched sequence
1	orf1ab	72	78	12.4253	6.9e-05	0.0369	ACACCAA
1	S	55	61	12.4253	6.9e-05	0.0369	ACACCAA
1	M	174	180	12.4253	6.9e-05	0.0369	ACACCAA
1	N	188	194	12.4253	6.9e-05	0.0369	ACACCAA
1	NS7a	23	29	11.8186	0.000123	0.0527	ACACCCA
1	E	175	181	9.91197	0.000262	0.0934	ACACCAG
1	NS6	147	153	9.73864	0.000393	0.0934	ACACTCA
1	NS7b	170	176	9.73864	0.000393	0.0934	ACACCAT
1	NS7c	157	163	9.73864	0.000393	0.0934	ACACTCA
1	orf1ab	328	334	4.71199	0.000872	0.18	ACACCTA
1	orf1ab	229	235	4.45199	0.000926	0.18	ACACCAC
2	orf1ab	155	189	35.1573	5.74e-13	1e-09	TGTGGAGTTTCGGCTGTTGATTGTCTGTTTGTTGC
2	NS6	1	35	31.5861	2.97e-11	2.6e-08	TCTGTCACTTCACCACCTAAAGGTTTAATGGTTGT
2	M	64	98	31.0048	4.94e-11	2.88e-08	TGTGTTAAACTATCTTATAAATGTTTTCTAGGTGC
2	NS7a	132	166	29.8421	1.25e-10	5.48e-08	GGTGTTATTTTGTCTCTGGACATTTTCTTGAGTGG
2	E	98	132	29.3438	1.81e-10	6.34e-08	GCTGTGGAAGTTGCTTTGGCTGTTGTGGTGGTTGC
2	NS7c	84	118	27.0183	8.23e-10	2.4e-07	TATAGCACTAACACTTCTAATATTGTGTTTGGTTC
2	NS7b	53	87	25.1082	2.39e-09	5.98e-07	TTTGGAAAATACACTGGCAAAGGGGAACTGATTGT
2	E	86	120	-4.62407	0.000113	0.0247	TCTGCACCGGTTGCTGTGGAAGTTGCTTTGGCTGT
2	E	43	77	-8.44441	0.000286	0.0556	TTAGCCATAGCCGCTTTTGCGTGTATTATTGTTAC
2	N	49	83	-9.27492	0.000347	0.0607	TTTAGTATACTACCTAGGAAAATACTTATCAATGG
2	NS7c	111	145	-11.3512	0.000554	0.0881	TTTGGTTCAATCTGTCTGGTTGTGTTATTGTTGTC
2	orf1ab	182	216	-11.8495	0.000618	0.0894	TTTGTTGCAACGGGGTCTTACTGTGTTCTTTGAGG
2	NS7c	99	133	-12.1817	0.000664	0.0894	TCTAATATTGTGTTTGGTTCAATCTGTCTGGTTGT
3	orf1ab	241	269	41.9831	1.05e-14	1.77e-11	GTGGTGGTTTTCCCTAGGCTCCTTATTAG
3	E	18	46	39.7147	1.45e-13	9.9e-11	GTGGTATATTTGGCTAGCCATATTTTTAG
3	S	163	191	39.4311	1.77e-13	9.9e-11	CTTGTGTCTTCTGGTAGACTACTTGTTAG
3	E	49	77	-17.7043	0.000384	0.141	ATAGCCGCTTTTGCGTGTATTATTGTTAC
3	orf1ab	569	597	-18.1296	0.000422	0.141	ATCCTATTCTGCAGCTGCCTGATTGTTAG