Я использовал команды со слайда вида:

hmm2build -f my_alignment.hmm my_alignment.fasta
hmm2calibrate my_alignment.hmm
hmm2search -T 4 my_alignment.hmm sequences.fasta (при более высоком пороге находок не было).

Соответствующие файлы лежат в папке: /home/students/y23/nikitka1369/pr4/term4.

Вот результаты:



Query HMM:   alignhu
Accession:   [none]
Description: [none]
  [HMM has been calibrated; E-values are empirical estimates]

Scores for complete sequences (score includes all domains):
Sequence   Description                                  Score    E-value  N 
--------   -----------                                  -----    ------- ---
ENT4_YEAST Q07872 Epsin-4                                 5.0       0.24   1

Parsed for domains:
Sequence   Domain  seq-f seq-t    hmm-f hmm-t      score  E-value
--------   ------- ----- -----    ----- -----      -----  -------
ENT4_YEAST   1/1      73    97 ..    55    75 ..     5.0     0.24

Alignments of top-scoring domains:
ENT4_YEAST: domain 1 of 1, from 73 to 97: score 5.0, E = 0.24
                   *->CSQlLCsesIVsYLseN....FvtW<-*
                      C Q+++  ++VsYL++N++++F+ W   
  ENT4_YEAST    73    CIQVMKTLTLVSYLMNNgsneFIKW    97   


Вывод: профиль неРАБОЧИЙ (высокие Е-value, низкий порог находок).