Практикум 10

Мой белок - альфа-субъединицa комплекса окисления жирных кислот, я искал похожие белки с помощью BLAST, используя такие параметры: базы данных - стандартные базы данных; база данных - UniProtKB/Swiss-Prot(swissprot); алгоритм - blastp; максимум белков - 5000; ожидаемый порог - 0.05; размер слова - 5; матрица- BLOSUM62; гэпы - открытие: 11, продолжение: 1; compositional adjustments - conditional compositional score matrix adjustment.

По данному запросу был найден 321 белок.Текстовая выдача программы. Для создания множественного выравнивания я выбрал 6 белков со следующими accession: B2I2J9.1, B0VE45.1, B0VLX4.1, Q6FF68.1, A5WH99.1, Q4FQC6.1. Я их выравнял в Jalview с помощью Muscle with defaults и покрасил по Percentage Identity. Результаты выравнивания . Мне кажется, что все выбранные белки гомологичны, так как у них большой процент совпадения и явно выделяются строго консервативные домены.

Для задания 2 я выбрал Polyprotein pp62 из African swine fever virus. ID: PP62_ASFB7, AC: Q65179, OS: African swine fever virus (strain Badajoz 1971 Vero-adapted) (Ba71V). В качестве зрелого белка я выбрал белок p8 с координатами 464-530. Я вырезал его последовательность с помощью EMBOSS командой seqret 'sw:PP62_ASFB7[464:530]' pp62_asfb7_segment.fasta. Ссылка на файл С данной последовательностью я проделал те же действия, что и в задании 1 (все настройки аналогичны). По запросу в BLAST было найдено 4 белка. Ссылка на выдачу Для создания белкового выравнивания я выбрал эти 4 белка со следующими AC: P0CA08.1, P0CA07.1, P0CA06.1, P0CA05.1. Я их выравнял в Jalview с помощью Muscle with defaults и покрасил по Percentage Identity. Результаты выравнивания Процент идентичности белков очень высокий, последовательности гомологичны.

Я повторил предыдущий поиск, оставив те же параметры BLAST, но теперь применил фильтр по организмам, ограничив поиск вирусами (Viruses). Было найдено всё так же 4 белка (те же). Однако E-value всех находок упал примерно в 20-30 раз. Это указывает на то, что, видимо, размер базы данных уменьшился в 20-30 раз, а следовательно, доля вирусных белков в Swiss-Prot составляет около 4%.