Практикум 11

Я выбрал семейство белков, содержащее домен пиридиннуклеотид-дисульфидоксидоредуктазы (Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase). AC семейства - PF00070, ID - Pyr_redox. В seed содержится 90 последовательностей, в seed - 382. Доменных архитектур - 84.

Функция данного домена заключается в том, чтобы осуществлять оксидоредуктазную активность. Семейство включает в себя два класса оксидоредуктаз, NADH-оксидаз и пероксидаз. Также данный домен является NADH-связывающим доменом внутри большего FAD-связывающего домена. О таксономии стоит сказать, что данный домен встречается у разных групп организмов (эукариоты, бактерии, некоторые археи).

Я скачал выравнивание seed со страницы семейства в Pfam в формате ann и открыл его в Jalview. Ссылка на проект Абсолютно консервативная позиция - глицин в положении 6. Максимально консервативные блоки для всех последовательностей: 5-6. Максимально консервативные блоки для верхней группы последовательностей: 5-8, 38-39. Участок 20-23 не содержит ни одного достоверного подблока. По достоверным участкам можно судить о ходе эволюции домена. Лучше всего об эволюции позволяет судить блок 5-6.

Я выбрал две первые архитектуры в списке архитектур, скачал нужные последовательности и обработал в Jalview так, что осталось около ста последовательностей, примерно по 50 последовательностей каждой из архитектур. Ссылка на проект В случае первой архитектуры нет общих максимально достоверных блоков, но есть максимально достоверные блоки у группы последовательностей в положениях 596-601, 605-609, 614-618, 628-631. В случае второй же архитектуры максимально достоверных и протяжённых блоков очень много (581-590, 596-601, 605-618 и прочие). Вероятно, полученный результат указывает на то, что белки, имеющуе вторую доменную архитектуру, эволюционировали медленнее, чем белки с первой доменной архитектурой на этом участке последовательности.

Я взял две последовательности, каждую из исследованных доменных архитектур, и построил dot plot с помощью blastp. Ссылка на dot plot Судя по локальному выравниванию этих двух белков, данные области очень похожи друг на друга (на это указывают непрерывные прямые линии). Точки разрыва в данном случае - это гэпы, коих немного.