Практикум 3

Упражнение 1

В данном упражнении с помощью пакета 3DNA были получены трехмерные модели структуры фрагмента цепей ДНК в различных формах. На соответствующие файлы приведены ссылки: А-форма B-форма Z-форма

Упражнение 2

Для анализа была выбрана B-форма ДНК и T20 в ней. В сторону большой бороздки обращены атомы t20.n4, t20.c7, t20.c5, t20.c6. В сторону малой бороздки обращены атомы t20.o2. Ниже приведена таблица:

	A-форма	B-форма	Z-форма
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	28.03	33.02	42.78
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)	17.0 (A12:C - C32:B)	17.9 (A6:A - T32:B)	22.9 (C2:A - G15:B)
Ширина малой бороздки (Å)	8.0 (A2:A - C33:B)	11.7 (C12:A - G33:B)	8.7 (G7:A - G19:B)

Упражнение 3

Для исследования и анализа была задана структура 1exd. Результаты были получены с помощью программ пакета 3DNA, а именно программы find_pair и analyze. Из файла 1exd.out была получена вся информация о водородных связях, присутствующих в структуре тРНК, ее можно посмотреть по ссылке . Из этих данных видно, что стебли образованы основаниями 902-907 и 971-966, 949-953 и 965-961, 937-944 и 933-926, 910-912 и 925-923. Неканонические пары: U955-G918, U938-U932, A944-A926, A913-G946, A914-A921, G915-U948. Дополнительные водородные связи, стабилизирующие структуру тРНК: U954-A958, U955-G918, A913-G946, A914-A921, G915-U948, G919-C956.