Практикум 4

Упражнение 1

В этом задании нужно было предсказать вторичную структуру тРНК с помощью разных программ: find_pair, einverted, RNAfold (по алгоритму Зукера). Мне досталась тРНК из файла 1exd.pdb. Результаты представлены в таблице и на рисунке ниже.

	Акцепторный стебель	D-стебель	T-стебель	Антикодоновый стебель	Общее число канонических пар нуклеотидов
Позиции в структуре (по результатам find_pair)	902-907:971-966	910-912:925-922	949-953:965-961	937-944:933-926	22
Результаты предсказания с помощью einverted	901-906:968-963 (на месте 8 нуклеотида первой цепи на второй цепи гэп)	---	---	---	6
Результаты предсказания по алгоритму Зукера	902-908:971-965	909-911:917-915	948-951:962-959	926-930:938-942	22

Упражнение 2

Для анализа взят комплекс ДНК и белка из файла 1exd из pdb. Вместо JMol был использован PyMOL. Результаты представлены ниже на фотографиях. Ниже приведена таблица, в которой представлены полученные во втором подпункте упражнения данные. Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего остатками 2'-дезоксирибозы 6 137 143 остатками фосфорной кислоты 23 132 155 остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 2 9 11 остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 2 7 9 Для отчёта по третьему подпункту я прилагаю фотографии, на которых подробно изображены контакты с ДНК в данном мне файле. Также я рассмотрел аминокислотные остатки белка, взаимодействующие с ДНК. После анализа последовательности белка в PyMOL я пришёл к выводу, что наибольшее число взаимодействий с ДНК имеет R67. На рисунке видно, что он взаимодействует своей гуанидиновой группой с гуанином и кислородом остатка фосфорной кислоты.