Практикум 7

Для выполнения заданий данного практикума в качестве эукариотического организма я выбрал Danio rerio (zebrafish) - это модельный организм, костистая карповая рыба. Её геном представлен 25 хромосомами.

Danio rerio (zebrafish)

В запросе указал 'Danio rerio (zebrafish)'. Всего было найдено 19 геномов, из них я выбрал референсный с хромосомным уровнем сборки (минимум одна хромосома собрана полностью, между скаффолдами или контигами могут быть гэпы). В используемой сборке представлены все 25 хромосом вида. Сборка является референсной - она образована объединением нескольких геномов и не относится к конкретному организму, но хорошо отражает геном данного вида.

Идентификатор GenBank	GCA_000002035.4
Идентификатор RefSeq	GCF_000002035.6
Общий размер генома	1.4 Gb
N50	7.4 Mb
L50	44

Ссылка на данные о zebrafish На основании найденных литературных данных о рыбке и о том, что я вижу на сайте NCBI, я могу сделать вывод, что сборка данного генома отражает всю биологическую информацию о выбранном мною геноме. Файлы, содержащие указанную в задании информацию о геноме Danio rerio очень большие, поэтому я прилагаю ссылки на сжатые варианты этих файлов (можно скачать с помощью wget, разархивировать с помощью gunzip): - файл, содержащий нуклеотидные последовательности всех хромосом данного организма в формате FASTA (если разархивировать). - файл, содержащий аминокислотные последовательности всех известных белков данного организма в формате FASTA. - файл, содержащий аннотацию всего генома: содержат общую информацию (уникальный идентификатор, таксономию организма, краткое описание хромосом, тип и длину нуклеиновой кислоты и т.п.), аннотацию участков ДНК (гены белков, тРНК, рРНК, их координаты, расположение, некоторые особенности), последовательности хромосом.