Практикум 10

С помощью запросов на сайте NCBI Datasets 'Pseudomonas simiae' и 'Pseudomonas azotoformans' был проведён поиск среди полностью собранных геномов. С помощью BLAST были построены карты локального сходства (dot plot) по двум алгоритмам (megablast (верхнее фото) и blastn (нижнее фото)). Параметры я не менял.

Рис.1. Dot plot, получённый алгоритмом megablast.

Рис.2. Dot plot, получённый алгоритмом blastn.

Судя по всему, в ходе эволюции происходили определённые мутации в этих двух геномах, например, несколько делеций. Вероятно, разрыв линии связан с тем, что для обеих последовательностей точка начала секвенирования была выбрана по-разному. Последовательности неплохо выравнялись друг на друга, однако видно, что dot plot, построенный с помощью алгоритма megablast, имеет меньше шума в виде плотного скопления точек, а следовательно, такой dot plot проще читать.