Практикум 2

Для начала сравним филогенетическое дерево, полученное на основании таксономии исследуемых животных, а также дерево, полученное с помощью программы fastme с оценкой p-distance. Деревья представлены ниже:

Рис. 1. Дерево, построенное на основании таксономии (слева) и дерево, полученное с помощью программы fastme моделью p-distance (справа).

Видны расхождения у дерева, построенного с помощью fastme с использованием модели p-distance относительно эталонного: хищные (лев и собака) разбиты на отдельные ветви; бык отдалён от хищных; группы приматов и зауропсид разбиты; объединены хрящевая и костистая рыбы, к ним приближена шпорцевая лягушка.

Далее сравним деревья исходное и полученное с помощью fastme моделью MtREV:

Рис. 2. Дерево, построенное на основании таксономии (слева) и дерево, полученное с помощью программы fastme моделью MtREV (справа).

Видны расхождения у дерева, построенного с помощью fastme с использованием модели MtREV относительно эталонного: хищные (лев и собака) разбиты на отдельные ветви; бык отдалён от хищных; группа зауропсид разбита на отдельные виды, но группа приматов сохранена; объединены хрящевая и костистая рыбы, к ним приближена шпорцевая лягушка.

Последнее сравнение будет освещать разницу между эталонным деревом и деревом, полученным с помощью программы iqtree. Демонстрирую их ниже:

Рис. 3. Дерево, построенное на основании таксономии (слева) и дерево, полученное с помощью программы iqtree (справа).

Видны расхождения у дерева, построенного с помощью iqtree относительно эталонного: рыбы (хрящевая и костистая) сближены в одну группу, также сближены лягушка и пеломедуза; группа зауропсид разбита на отдельные виды, но группа приматов сохранена; лавразиотерии разбиты на отдельные ветви (лев, собака и бык - три отдельные ветви, не связанные между собой в монофилетические группы).