Практикум 3

Для группы животных из прошлых практикумов я построил дерево на основании последовательностей 12S рРНК. На Рис. 1 представлено сравнение этого дерева, полученного с помощью программы iqtree, с деревом, основанным на таксономии. Видна разница между реконструкциями: BOSMU попал в одну группу к MACMU и CALJA, хотя на деле он ближе к CANLU и PANLE; узел с XENLA, DANRE, MACGD разрешён (первые два вида сближены).
Рис. 1. Дерево, построенное на основании таксономии (слева) и дерево, полученное с помощью программы iqtree на основании последовательностей 12S рРНК (справа).

На Рис. 2 представлено сравнение этого же дерева только теперь из одним из деревьев, построенным по белковым последовательностям из прошлого практикума, полученного тоже с помощью программы iqtree. Можно заметить следующие различия: группа завропсид восстановлена (MELGA, PELSU), группа хищных восстановлена, бык сближен с приматами и отдалён от хищных, а не сближен с кладой хищных и приматов; костистая рыба сближена с лягушкой, а не с хрящевой рыбой.
Рис. 2. Дерево, построенное на основании последовательностей белка цитохрома B (слева) и дерево, построенное на основании последовательностей 12S рРНК (справа). Оба дерева получены с помощью программы iqtree.
Дерево, построенное по последовательностям цитохрома В с помощью модели iqtree было укоренено с использованием внешней группы (вид Caenorhabditis elegans, мнемоника CAEEL, не хордовое животное). На Рис. 3 представлен результат: хищные по-прежнему разбиты на отдельные ветви, бык по-прежнему отделён от хищных, но виден некий беспорядок: анамнии разбиты зауропсидами. Но зато приматы объединены в одну группу и сближены с другими млекопитающими.
Рис. 3. Дерево, укороненное на основании внешней группы, построенное программой iqtree на основе последовательностей белка цитохрома B.

На Рис. 4 показана реконструкция из прошлого практикума на основании белка цитохрома B, построенная программой fastme и моделью MtREV, перестроенная с использованием бутстреп-поддержки. Как можно видеть, даже правильные группы (хищные и приматы, например) могут иметь невысокий уровень поддержки (37 и 23, соответственно), а могут иметь высокий (лавразиотерии, 98). В то время ошибки (разрыв завропсид) могут иметь высокий уровень бутстреп-поддержки (80).
Рис. 4. Дерево, построенное на основании последовательностей белка цитохрома B программой fastme и моделью MtREV с использованием бутстреп-поддержки (100 реплик).