Практикум 9

В данном практикуме я искал последовательность SD в геноме Acinetobacter calcoaceticus. Для необходимого анализа понадобятся файлы с последовательностями в форматах fasta и gff3, которые можно скачать по ссылкам: fasta , gff3 . Анализ произведён с помощью скрипта. В результате я получил три файла: последовательности длиной 25 нуклеотидов перед старт-кодоном , последовательности длиной 25 нуклеотидов после старт-кодона и наиболее консервативная часть последовательностей из первого файла. Далее, я последовательности из последнего файла анализировал с помощью MEME (команда для анализа: meme BEST.fasta -dna -nmotifs 1 -minw 6 -maxw 10 ). Длина SD, как правило, составляет от 6 до 10 нуклеотидов, я искал 1 мотив. Ниже представлена лого-диаграмма для найденного мотива:

Также я провёл поиск в файле с последовательностями длиной 25 нуклеотидов перед старт-кодоном с помощью FIMO, поставив порог значимости в 0.0001: fimo --oc FIMO -thresh 0.0001 meme_out/meme.txt POSITIVE.fasta. С результатами выдачи можно ознакомиться по ссылке. Ту же процедуру проделал с файлом с последовательностями длиной 25 нуклеотидов после старт-кодона. С результатами выдачи можно ознакомиться по ссылке. В результате поисков, можно сделать вывод, что для SD моей бактерии характерен паттерн YDKTWAGGAG.