Практикум 3

Структура в целом

Я исследовал структуру фактора свёртывания крови XIa с ингибитором BUV. Фактор свёртывания крови XIa - активная форма белка-участника внутреннего пути свёртывания крови, секретируемая гидролаза. Это мономерный белок, его ассимитрическая единица не отличается от биологической. Это человеческий белок, экспрессировавшийся в Escherichia coli BL21(DE3). Общий вид структуры показан на рисунке (рис.1).

Рис. 1. Общий вид структуры 5QCK.

Uniprot_id: P03951. Название: Coagulation factor XI. Функция: участие во внутреннем пути свёртывания крови, активация фактора свёртывания крови IX. Есть две мутации относительно референса в UNIPROT (113 и 115 аминокислотные позиции), в цепи гликозилированы две аминокислоты (N72 и N113 (в последовательности UNIPROT, в моей последовательности N113->G113)). Вторичная структура представлена на рисунке (рис.2).

Рис. 2. Вторичная структура 5QCK.

Малые молекулы

Помимо воды и белка, в записи присутствуют также молекула ингибитора BUV (4-[[(2~{S},3~{R})-1-[(~{E})-3-[5-chloranyl-2-(1,2,3,4-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enoyl]-3-phenyl-pyrrolidin-2-yl]carbonylamino]benzoic acid), SO4 (SULFATE ION) и EDO (1,2-ETHANEDIOL). Белковое окружение сульфат-иона представлено на картинке (рис.3).

Рис. 3. Белковое окружение сульфат-иона.

Ссылки на pdb-файлы малых молекул: BUV EDO SO4 H2O

Если верить описанию статьи о получении моей структуры, то малые молекулы были использованы в качестве ингибиторов FXIa, предотвращающих тромбообразование с сохранением нормального гемостаза. Лиганды были добавлены искусственно в ходе получения структуры и ингибируют активность белка, приводящего к тромбообрахованию.

Статья