Практикум 5

Ферментативная активность 5QCK

Данная структура обладает активностью гидролазы. Конкретнее, она служит для расщепления связи между остатками аргинина и аланина и между остатками аргинина и валина в факторе свёртывания IX с целью его активации (становится фактором свёртывания IXa).

В состав каталитического центра моего фермента входят остатки H57, D102, S195. Взаимодействия между ними представлены на рис.1 (ионные взаимодействия обозначены красным цветом, водородные связи обозначены жёлтым цветом).

Рис.1. Взаимодействия между остатками каталитического центра.

Помимо взаимодействий между остатками каталитического центра фермента также D102 может образовывать водородную связь с остатком A65 (см. рис.2).

Рис.2. Взаимодействия между остатками каталитического центра и их окружением.

Низкомолекулярный ингибитор BUV вступает в стекинг-взаимодействие с остатком H57 активного центра (см. рис.3), тем самым, вероятно, мешает правильной ориентации имидазольного кольца гистидина и выступает в роли конкурентного ингибитора.

Рис.3. Взаимодействие между остатком активного центра H57 и ингибитором BUV.