Практикум 8

Так как для моей бактерии Acinetobacter calcoaceticus нет референсного протеома, первым протеомом я взял референсный протеом близкой к моей бактерии Acinetobacter populi . Он является референсным, его индикатор UP000196536, всего в нём 3291 белок. Этот протеом имеет близкий к стандартному CPD (Close to standard (low value)). Протеом имеет полноту 98,1%, 0,3% фрагментировано, 1,6% отсутствует. Из этого можно сделать вывод, что протеом хорош для исследования. С помощью команды wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000196536) ' -O UP000196536.swiss.gz я скачал этот протеом к себе в папку.

В качестве протеома сравнения я выбрал протеом бактерии Acinetobacter defluvii . Бактерия Acinetobacter populi , судя по страничке в Википедии, является паразитом растений, в то время как Acinetobacter defluvii был выделен из больничных сточных вод. Протеом является референсным, его индикатор UP000245977, всего в нём 3494 белка. Этот протеом имеет близкий к стандартному CPD (Close to standard (low value)). Протеом имеет полноту 98,1%, 0,5% фрагментировано, 1,4% отсутствует. Из этого можно сделать вывод, что протеом хорош для исследования. С помощью команды wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=(proteome:UP000245977) ' -O UP000245977.swiss.gz я скачал этот протеом к себе в папку.

Для подсчёта числа трансмембранных белков была использована команда в bash zcat {ID}.swiss.gz|grep 'KW'|grep 'Transmembrane helix'|wc -l. Таким образом, получилось, что у Acinetobacter populi 657 трансмембранных белков (19,96%), а у Acinetobacter defluvii 658 трансмембранных белков (18,83%). Различие в числе трансмембранных белков незначительно, что может следовать из близости видов. Для подсчёта числа ферментов была использована команда в bash zcat {ID}.swiss.gz|grep 'CATALYTIC ACTIVITY'|wc -l. Таким образом, получается, что у Acinetobacter populi 759 ферментов (23,06%), а у Acinetobacter defluvii 769 ферментов (22,00%). Мы получили довольно близкие абсолютные и относительные значения для ферментов, что может следовать из близости видов. Третьей группой я решил выбрать факторы устойчивости к антибиотикам, так как, судя по всему, обе бактерии патогенны (одна заражает растения, а вторая - людей). Для подсчёта числа факторов устойчивости к антибиотикам была использована команда zcat {ID}.swiss.gz|grep 'KW'|grep 'Antibiotic resistance'|wc -l. У Acinetobacter populi 3 фактора устойчивости к антибиотикам, у Acinetobacter defluvii 11 факторов устойчивости к антибиотикам. Такой результат может быть связан с тем, что, судя по всему, последняя бактерия является патогенной для человека, а следовательно, находится под большим антибиотическим прессом со стороны медиков.

Я решил сравнить, сколько в данных протеомах содержится белков со структурой coiled coil. Для этого я использовал команду в bash zcat {ID}.swiss.gz|grep 'KW'|grep 'Coiled coil'|wc -l. Получилось, что в протеоме бактерии Acinetobacter populi coiled coil упоминается 95 раз, а в протеоме бактерии Acinetobacter defluvii 127 раз. Это указывает на то, что белки с данной, вероятно, нужнее Acinetobacter defluvii по неизвестной мне причине. Возможно, они в основном выполняют какую-то структурную функцию.