Практикум 9

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Heme chaperone HemW	HEMW_ECOLI	HEMW_BACSU	504.5	62.1%	50.4%	33	12
Phosphoglycerate kinase	PGK_ECOLI	PGK_BACSU	908.0	47.4%	66.7%	17	7
Maltose O-acetyltransferase	MAA_ECOLI	MAA_BACSU	632.0	64.3%	78.9%	3	3

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Heme chaperone HemW	HEMW_ECOLI	HEMW_BACSU	508.5	32.3%	51.4%	27	10	98.1%	99.2%
Phosphoglycerate kinase	PGK_ECOLI	PGK_BACSU	908.0	48.1%	67.5%	14	6	97.9%	98.7%
Maltose O-acetyltransferase	MAA_ECOLI	MAA_BACSU	632.0	64.7%	79.3%	2	2	100.0%	99.5%

Program	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Needle	HEMW_ECOLI	PGK_BACSU	20.0	4.8%	9.2%	556	12	-	-
Water	HEMW_ECOLI	PGK_BACSU	45.0	22.0%	36.1%	58	12	39.7%	51.3%

Данное выравнивание получило довольно маленький счёт, что подтверждает гипотезу о том, что данные два белка негомологичны. Параметры Identity и Similarity тоже низкие. Появилось довольно много гэпов. В случае локального выравнивания покрытие второго белка больше, чем покрытие первого, даже несмотря на то что второй белок чуть длиннее.

Для выравнивания были выбраны белки с мнемоникой HEMW: HEMW_ECOLI, HEMW_SYNY3, HEMW_BACSU, HEMW_MYCTU, HEMW_BUCAI, HEMW_MYCTO, HEMW_BUCAP. Рекомендованное полное имя - Heme chaperone HemW. Всего записей в Swiss-Prot было 16. Было произведено выравнивание методом Muscle with Defaults, колонки были окрашены по проценту идентичности. Все белки хорошо выровнялись, что говорит нам о том, что, скорее всего, все они гомологичны друг другу. Наиболее консервативные участки: 20-39, 79-90, 114-121, 132-147, 151-157, 180-191, 209-223, 259-294, 303-311, 341-349, 381-388, 409-425. Наименее консервативные участки: 1-6, 363-368, 389-406, 427-432. Ссылка на выравнивание