Анализ филогенетических деревьев

Первое Древо

Это филогенетическое древо глобинов. Не всех, конечно. Красными кружками отмечена контрольная группа - миоглобины. Топология миоглобиновой части дерева соответствует таксономии позвоночных. Нам было предложено проанализировать оставшуюся часть дерева. Нужно было найти паралоги и группы ортологов. Группы ортологов помечены цветными кружками, одного цвета внутри группы. Парлоги обозначены рамками типа прямоугольник. Сиреневые вопросы означают белки, которым вердикт вынести сложно.

1. Chicken - цыпленок
2. Danio - полосатая аквариумная рыбка
3. Horse - лошадь
4. Human - человек
5. Xenopus - африканская лягушка

Второе Древо

На этом дереве можно разглядеть некоторые глутаминсинтетазы. Все они ортологичны друг другу. Мы должны были проверить соответствие его таксономическому дереву организмов. Красным помечены Археи(Archae), синим - Бактерии(Bacteria). Для определения таксона использовался таксономический сервер NCBI. Т.к. данное дерево отображает лишь эволюционные расстояния между последовательностями белков разных организмов, то оно не полностью соответствует таксономическому дереву организмов. Причиной этого могла послужить "горизонтальная эволюция" (трансдукция, трансверсия и т.д.). Поскольку каждый белок может эволюционировать в разных организмах по-разному, следовательно это дерево не полностью отображает таксономическое дерево этих организмов.