Фрагмент вторичной структуры

Работа с программой RasMol

Изображение в RasMol бета-листов цепи B, режим Strands Исследовались фрагменты цепи В SdhB - β-листы (серые). Водородные связи изображены зелёными линиями. Атомы, участвующие в образовании водородных связей, помечены номерами их аминокислотных остатков (NH - синим, O - красным цветами).


Описание паттерна водородных связей

  • Для параллельных β-листов:
    • CONH
    489
    896
    691
    918

    В тяже 1: 4, 6, 8 (i=4)
    В тяже 2: 89, 91 (j=89)

    Паттерн: (i → j) и (j → i+2)

  • Для антипараллельных β-листов:
    • CONH
    235
    523
    217
    721

    В тяже 1: 5, 7 (i=5)
    В тяже 2: 21, 23 (j=23)

    Паттерн: (i → j) и (j → i)


    Описание расположения Сβ-атомов

    Изображение участка бета-тяжа в RasMol, режим Sticks Цвета исследуемых атомов: Cα, Cβ
    Остальные окрашены в стандартные цвета (C,N,O,S)
    Из рисунка видно, что положение Cβ атомов чередуется: первый выше оси симметрии (в качестве которой взята Cα цепь), второй ниже её, третий опять выше и т.д.