Контакты с лигандами

Работа с программой RasMol

Всего SdhB содержит 10 лигандов.
Из них я работал с двумя: FAD (флавинадениндинуклеотид) и FeS (сульфид железа).


FAD - Флавинадениндинуклеотид

Флавинадениндинуклеотид: Задание - построить структурную формулу.


Сульфид железа: Задание - описание контактов FeS с аминокислотными остатками окружения.

 1й контактирующий остаток   2й контактирующий остаток   Контактирующие атомы   Расстояние, Å   Тип связи 
Arg56BFeS302BN, S13H-Bond
Gly58BFeS302BNH, S23.1H-Bond или HydroPhobic
Val59BFeS302BNH, S23H-Bond или HydroPhobic
Cys55BFeS302BSG, Fe22.2HydroPhobic
Cys60BFeS302BSG, Fe22.2HydroPhobic
Cys75BFeS302BSG, Fe12.3HydroPhobic
Asp63BFeS302BOD (5033), Fe23.7E-static

Здесь изображен лиганд FeS с ближайшим окружением. Лиганд FeS выделен размером.

Прилегающие аминокислотные остатки: атомы их, лежащие в радиусе 3.1Å от лиганда, окрашены в стандартные цвета (C,N,O,S); сами же АКО: Cys - 3 шт., Arg, Asp, Val, Gly - по одному.

Во-первых, сразу заметно, что здесь есть гидрофобная связь, потому что из 7 АКО, входящих в окружение лиганда, 5 являются гидрофобными (Gly, Val и 3 Cys), причем Cys все развернуты S-концами в сторону лиганда, а Gly и Val повернуты N-концами.

Во-вторых, имеются основания предполагать наличие водородных связей, из-за наличия в радиусе 3,1Å атомов кислорода от Asp и азота от Arg и Val. Я считаю, что водородные связи могут быть между S (относительно отрицательной) и NH из Arg, Val и Gly (причем у двух последних возможна и гидрофобность). Гидрофобны же наверняка связи FeS - Cys. Возможна также связь электростатической природы между Asp и Fe, так как аспарагин - кислота.