Всего SdhB содержит 10 лигандов.
Из них я работал с двумя: FAD (флавинадениндинуклеотид) и FeS (сульфид железа).
Флавинадениндинуклеотид: Задание - построить структурную формулу.
Сульфид железа: Задание - описание контактов FeS с аминокислотными остатками окружения.
1й контактирующий остаток | 2й контактирующий остаток | Контактирующие атомы | Расстояние, Å | Тип связи |
---|---|---|---|---|
Arg56B | FeS302B | N, S1 | 3 | H-Bond |
Gly58B | FeS302B | NH, S2 | 3.1 | H-Bond или HydroPhobic |
Val59B | FeS302B | NH, S2 | 3 | H-Bond или HydroPhobic |
Cys55B | FeS302B | SG, Fe2 | 2.2 | HydroPhobic |
Cys60B | FeS302B | SG, Fe2 | 2.2 | HydroPhobic |
Cys75B | FeS302B | SG, Fe1 | 2.3 | HydroPhobic |
Asp63B | FeS302B | OD (5033), Fe2 | 3.7 | E-static |
Прилегающие аминокислотные остатки: атомы их, лежащие в радиусе 3.1Å от лиганда, окрашены в стандартные цвета (C,N,O,S); сами же АКО: Cys - 3 шт., Arg, Asp, Val, Gly - по одному. Во-первых, сразу заметно, что здесь есть гидрофобная связь, потому что из 7 АКО, входящих в окружение лиганда, 5 являются гидрофобными (Gly, Val и 3 Cys), причем Cys все развернуты S-концами в сторону лиганда, а Gly и Val повернуты N-концами. Во-вторых, имеются основания предполагать наличие водородных связей, из-за наличия в радиусе 3,1Å атомов кислорода от Asp и азота от Arg и Val. Я считаю, что водородные связи могут быть между S (относительно отрицательной) и NH из Arg, Val и Gly (причем у двух последних возможна и гидрофобность). Гидрофобны же наверняка связи FeS - Cys. Возможна также связь электростатической природы между Asp и Fe, так как аспарагин - кислота. |