Анализ филогенетических деревьев
Часть 1
Приведено филогенетическое дерево некоторых глобинов (на рисунке). В качестве контрольной группы использованы миоглобины, они отмечены красным, видно, что в этом месте структура ветвления соответствует таксономии позвоночных.
В облаках разных цветов – предположительно ортологические семейства.
Друг к другу они относятся как паралоги. Также розовыми стрелками показаны паралоги.
Семейства ортологов определены по корелляции данной ветви с ходом эволюции.
Вопросы вызывают три позиции (снизу вверх) –
- Какой из Chicken является ортологом к данному семейству;
- К какому семейству ортологов относить Danio (скорее, к какому-либо из верхних), если вообще относить;
- Human или является паралогом к правому верхнему семейству, либо является эмбриональным белком (относительно нормального белка всё из того же семейства).
Часть 2
Приведена часть филогенетического дерева глутаминсинтетаз. Требуется проверить соответствие дерева таксономическому дереву организмов. Для определения таксона использовался таксономический сервер NCBI.
- Pausterella Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae
- Escherichia Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae
- Thermotoga Bacteria; Thermotogae; Thermotogae (class); Thermotogales; Thermotogaceae
- Lactococcus Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae
- Bacillus Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae
- Clostridium Bacteria; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae
- Sulfolobus Archaea; Crenarchaeota; Thermoprotei; Sulfolobales; Sulfolobaceae
- Halobacterium Archaea; Euryarchaeota; Halobacteria; Halobacteriales; Halobacteriaceae
Methanococcus
- Methanococcus Archaea; Euryarchaeota; Methanococci; Methanococcales; Methanococcaceae
- Archaeoglobus Archaea; Euryarchaeota; Archaeoglobi; Archaeoglobales; Archaeoglobaceae
- Pyrococcus Archaea; Euryarchaeota; Thermococci; Thermococcales; Thermococcaceae
На рисунке в зелёных областях находятся археи, в голубых – бактерии.
Бактерии (в отличие от архей) разделены на разные области в соответствии с их делением на типы.
Видно, что дерево не совсем соответствует таксономии – в верхней части схемы можно заметить, что некоторые белки архей ближе к белкам Escherichia, чем белки других бактерий Firmicutes.
Но, разумеется, наблюдается группировка по типам.