Практикум 11

Семейство доменов ABC_toxin_N

Семейство, которое я выбрала — ABC_toxin_N (PF20220), N-конец [А-субъединицы] ABC-токсинов. В выравнивании seed у него 31 последовательности в выравнивании seed и 396 последовательностей в выравнивании full.
ABC-токсины — токсины бактерий-патогенов, встравивающиеся в мембраны клеток хозяина и открывающие там поры (Piper et al., 2019). В норме они состоят из трех А-субъединиц, В-субъединицы и С-субъединицы (Gatsogiannis et al., 2016), но А-субъединицы некоторых разделены на две субъедницы (Piper et al., 2019).

Выравнивание seed

Здесь я работаю с выравниванием seed. Его можно увидеть в файле по ссылке. Видно, что полностью консервативны в этом выравнивании всего три позиции: 48-й (D), 63-й(A или G) и 68-й (Q) столбцы. Но все эти последовательность кажутся гомологичными, и для них всех есть общие блоки: с 35-го столбца по 78-й, 120-й столбец, со 134-го столбца по 155-й.

Сравнение разных архитектур

В этом случае, чтобы белков было больше, я решила работать с выравниванием full. Я взяла две первые архитектуры из Pfam, "ABC_toxin_N, Neuraminidase, TcA_TcB_BD" (124 белка) и "VRP1, ABC_toxin_N, Neuraminidase, TcA_TcB_BD" (71 белок), и удалила из full все оставльные аминокислотные последовательности. Это выравнивание можно найти по ссылке. На первый взгляд, эти архитектуры ничем не отличаются. В выравнивании 1 можно увидеть блоки 11:24, 64:97 и 157:186. В выравнивании 2 — 16:24, 59:97, 154:186. Видимо, это довольно незначимые различия, которые могут получиться из-за трех единичных гэпов.

Список литературы

  1. Piper SJ, Brillault L, Rothnagel R, Croll TI, Box JK, Chassagnon I, Scherer S, Goldie KN, Jones SA, Schepers F, Hartley-Tassell L, Ve T, Busby JN, Dalziel JE, Lott JS, Hankamer B, Stahlberg H, Hurst MRH, Landsberg MJ. Cryo-EM structures of the pore-forming A subunit from the Yersinia entomophaga ABC toxin. Nat Commun. 2019 Apr 26;10(1):1952. doi: 10.1038/s41467-019-09890-8. PMID: 31028251; PMCID: PMC6486591.
  2. Gatsogiannis C, Merino F, Prumbaum D, Roderer D, Leidreiter F, Meusch D, Raunser S. Membrane insertion of a Tc toxin in near-atomic detail. Nat Struct Mol Biol. 2016 Oct;23(10):884-890. doi: 10.1038/nsmb.3281. Epub 2016 Aug 29. PMID: 27571177.