Практикум 3

В рамках этого практикума мне нужно было изучить макромолекулу с PDB_ID 3C37. Это цинк-зависимая металлопептидаза металл- и серовосстанавливающей протеобактерии Geobacter sulfurreducens. Ниже я привожу ответы на вопросы практикума.

Структура в целом

  • Представленный тип макромолекул — белок.
  • В файле есть информация о двух идентичных аминокислотных цепях (рис. 1).
  • In vivo этот белок — мономер; в одну «биологическую единицу» входит только одна цепь (рис. 2).
Рис. 1. Asymmetric unit белка 3C37.

Отдельные цепи

Табл. 1. Сведения об аминокислотнрых цепях исследуемого белка.
Цепь Организм Uniprot_id Мутации Модифицированные аминокислотные остатки
A Geobacter sulfurreducens Q74D82 Нет Есть. В этой цепи присутствует селенометионин. Информация о его атомах — в файле по ссылке.
B Geobacter sulfurreducens Q74D82 Нет Есть. В этой цепи присутствует селенометионин. Информация о его атомах — в файле по ссылке.

В biological unit (одну цепь) белка 3C37 входят и альфа-спирали, и бета-слои (рис. 2). Альфа-спирали преобладают.

Рис. 2. Biological unit белка 3C37. Розовым покрашены альфа-спирали, синим — бета-слои.

Малые молекулы

Табл. 2. Сведения об малых молекулах исследуемого белка.
Краткое название молекулы Полное название молекулы Файл
ZN ZINC ION По ссылке
PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER По ссылке
HOH WATER По ссылке

На рис. 3 видно, что ион цинка координируют аминокислотные остатки глутамата и гистидина. Глутамат при нейтральном pH заряжен отрицательно, из-за чего может координировать положительно заряженный цинк, гистидин незаряжен, возможно, связывает цинк за счёт неподеленной электронной пары.

Рис. 3. Аминокислотные остатки, окружающие ион цинка.