Практикум 3

Структуры ДНК

По ссылкам можно скачать смоделированные в программе fiber пакета 3DNA структуры ДНК в формате PDB: А-форма, B-форма и Z-форма. При этом при генерации Z-формы ДНК fiber не включала в структуру аденин и тимин, и она получилась длиной в 10 п.н., а не в 20, как все остальные. Я сгенерировала структуру Z-формы ДНК длиной в 20 п.н., ее можно скачать по ссылке

Малая и большая бороздки

На рис. 1 изображен тимин. Красным отмечены атомы, смотрящие в сторону большой бороздки в B-форме в ДНК, синим — в сторону малой бороздки. В табл. 1 приведены данные о трех формах ДНК, полученных из смоделированных при помощи fiber структур.

В сторону малой бороздки смотрят атомы c134.c2, c135.o2, c136.n3.
В сторону большой бороздки смотрят атомы c137.c4, c138.o4, c139.c5, c140.c6, c141.c7.

Рис. 1. Тимин в B-ДНК. Красные атомы смотрят в большую бороздку, синие — в малую.
Табл. 1. Информация о смоделированных структурах ДНК в разных формах. Для бороздок Z-формы существуют как атомы, в месте которых цепь ДНК изгибается в сторону бороздки, так и те, в месте которых она изгибается от бороздки. Ширина бороздки для тех и других указана без скобок и в скобках соответственно.
Форма ДНК Тип спирали Шаг спирали (Å) Число оснований на виток Ширина большой бороздки (Å) Ширина малой бороздки (Å)
А Правая 28,0 11 8,0 16,8
B Правая 33,8 10 17,2 11,7
Z Левая 43,5 12 7,2 (9,9 для атомов, смотрящих от бороздки) 18,3 (для атомов, смотрящих от бороздки, нет локального минимума)

Стебли тРНК 1I9V

В табл.2 указаны координаты стеблей в тРНК с PDB id 1I9V.

Табл. 2. Стебли тРНК с PDB id 1I9V.
Координаты первого участка Координаты комплементарного участка
1 — 7 72 — 66
49 — 53 65 — 61
40 — 44 30 — 26
10 — 13 25 — 22

Также в структуре этой тРНК есть дополнительные водородные связи, не входящие в стебли. Это пары 54 — 58, 36 — 33, 38 — 32, 14 — 8, 15 — 48 и 19 — 56.

Среди водородных связей в стеблях и вне были неканонические пары. Информация о них есть в таблице 3.

Табл. 3. Нуклеотиды из неканонических пар.
Координаты первого нуклеотида Координаты комплементарного нуклеотида Первый нуклеотид Комплементарный нуклеотид
4 69 G U
54 58 T A
36 33 A U
38 32 A C
44 26 A G
14 8 A U
15 48 G C