Практикум 1

Выбранные организмы

При помощи генератора случайных чисел я выбрала семь орагнизмов: Agrobacterium fabrum (AGRFC), Brucella suis (BRUSU), Escherichia coli (ECOLI), Paracoccus denitrificans (PARDP), Polynucleobacter asymbioticus (POLAQ), Proteus mirabilis (PROMH) и Yersinia pestis (YERPE).

Филогенетическое дерево

Скобочная форма филогенетического дерева с этими организмами — (((PARDP,(BRUSU,AGRFC)),(POLAQ,(PROMH,(ECOLI,YERPE)))). Я изобразила это дерево при помощи сервиса iTOL. Полученное изображение привожу на рис. 1.

**Рис. 1.** Филогенентическое дерево, полученное из скобочной формы при помощи сервиса iTOL.

Список нетривиальных ветвей

В этом дереве есть 4 нетривиальные ветви:
{AGRFC, BRUSU} против {PARDP, POLAQ, PROMH, YERPE, ECOLI};
{AGRFC, BRUSU, PARDP} против {POLAQ, PROMH, YERPE, ECOLI};
{AGRFC, BRUSU, PARDP, POLAQ} против {PROMH, YERPE, ECOLI};
{AGRFC, BRUSU, PARDP, POLAQ, PROMH} против {YERPE, ECOLI};

Ветвь {AGRFC, BRUSU}, видимо, соответствует таксону Hyphomicrobiales, ветвь {AGRFC, BRUSU, PARDP} — таксону Alphaproteobacteria, ветвь {PROMH, YERPE, ECOLI} — таксону Enterobacterales, а ветвь {YERPE, ECOLI} не соответствует ни одному таксону из базы данных Taxonomy.