|
|
Красным отмечены миоглобины. Видно, что в этом месте структура ветвления соответствует таксономии позвоночных. - это контрольная группа.
Синим отмечена вторая группа белков. На мой взгляд это ортоголи.
Квадратиками одинаковых цветов выделены белки, которые как мне кажется, являются паралогами. Xenopus - расположены далеко друг от друга и не являются явными ортологами. Я выбрала "верхний" белок тк его расположения соответствует таксономии позвоночных. Про chiken по имеющимся данным реально ничего сказать нельзя. Возможно произошла поздняя дупликация.
Именно из-за наличия паралогов в "синюю" группу можно включать только два белка, обведенныхт оранжевым овалом Т.к. белки chiken и xenopus, в принципе, могли поменять функцию.
Зеленым отмечена третья группа белков. Мне кажется, что они являются ортологами. Структура ветвления соответствует таксономии позвоночных, так же как и в четвертой группе, отмеченной фиолетовыми кружками.
А эти группы между собой являются паралогами.
Danio рядом с которым стоят два кружочка и вопрос, на мой взгляд можно отнести к либо к "зеленой" либо к "фиолетовой" группе. И он будет ортологом либодля тех, либо для других.
Непонятно расположение одного из белков human, рядом с ним на картинке стоит вопрос. Мб он является паралогами как минимум с соседними human.
Все белки расположенные по разные стороны от контрольной группы, видимо являются паралогами, тк они гомологи (глобины), но не ортологи, тк далеко друг от друга.
|
