((A:50,B:50):50, ((C:50,D:50):5,(E:50,F:50):5):45);

По ней было воссоздано дерево, отражающее данную модель эволюции гена ThyA.

Используя расстояния между последовательностями и программу msbar пакета EMBOSS, были созданы остальные последовательности, соответствующие листьям и промежуточным узлам дерева (мутация определенного количества нуклеотидов, исходя из расстояния).

Скрипт для программы msbar, который позволяет автоматизировать процесс создания остальных последовательностей

msbar thya.embl 4.embl -point 4 -count 357 -auto msbar thya.embl 1.embl -point 4 -count 397 -auto msbar uab.embl aaa.embl -point 4 -count 357 -auto msbar uab.embl bbb.embl -point 4 -count 357 -auto msbar uuu.embl ucd.embl -point 4 -count 40 -auto msbar uuu.embl uef.embl -point 4 -count 40 -auto msbar ucd.embl ccc.embl -point 4 -count 397 -auto msbar ucd.embl ddd.embl -point 4 -count 397 -auto msbar uef.embl eee.embl -point 4 -count 397 -auto msbar uef.embl fff.embl -point 4 -count 397 -auto