-
Часть 1.
Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных
последовательностей Swiss-Prot
- Часть 2.
Описание процедуры составления выборки
Для составления выборки мы пользовались SRS (Sequence Retreival System - http://srs.ebi.ac.uk/ ). Вам нужно выбрать банк данных, в котором будете работать. Это можно сделать на Library Page (мы вели поиск по базе данных (БД) UniProt/Swiss-Prot, т.к. она хорошо курируется). Отметив галочкой нужную БД нужно перейти на страницу Standerd Query Page.
Там будет таблица, состоящая из двух столбцов и четырех строк. В правом столбце можно выбрать тип описания (что-нибудь из первого столбца верхней таблицы), по которому вы хотите делать выборку. А, соответственно, слева - его конкретное значение (например, правый столбик верхней таблицы). Можно выбирать разные значения и связывать их логическими операциями (ЛО) AND(&), OR(|), NOT (!). Причем если какой-то тип ЛО будет выбран в специальном поле слева, то все ваши описания будут связаны только им. Но часто это не подходит, тогда можно выставлять ЛО прямо в строках правого столбика, и теперь строки будут связываться ЛО, которая стоит между ними.
Нам нужно было найти все белки с функцией тимидилатсинтетаза у Yersinia pestis, Pseudomonas aeruginosa и Escherichia coli. Т.о. напротив поля description мы написали Thymidylate synthase и соединили их ЛО АND c полем s peсies, напротив которого были перечислены виды, соединенные OR.
В итоге была составлена таблица:
