В этом разделе мы в основном работали с базами данных аминокислотных последовательностей (Swiss-Prot, TrEMBL, UniProt), используя для этого систему SRS.
Это очень важно не только для поиска белков со сходной функцией. Таким обра зом можно извлечь аминокислотную последовательность интересующего тебя белка, создать файл для работы с программой Rasmol, найти все известные белки какого-нибудь конкретного организма.
Это дoвольно просто, особенно если ты знаешь английский, но, как и в любом деле, требуется навык.
Этот раздел был посвящен различным aлгаритмам по пoпaрного выравнивания. Именно в этом разделе мы познакомились с программами из пакета EMBOSS. Конечно не очень удобно, что они всe идут под Unix - к этой операционной системе очень трудно привыакнуть, и у меня работa с ней до сих пор вызывает трудности.
BLAST - очень удобная программа для поиска гомологов. Ей очень легко пользоваться.
Этот раздел, наверное, вызывал у меня больше всего вопросов и затруднений. Может быть, потому что его прошли совсем недавно и еще не успели в достаточной степени осмыслить. Но, безусловно, информация о доменной структуре очень важна в любом биоинформатическом исследовании. Мы пользовались базами данных Pfam, PROSITE, InterPro.
Построения филогенетических деревьев - это поиск родственных связей между организмами (беками). Я думаю, что мы не очень хорошо умеем это делать, потому что в этом семестре мы только затронули этот вопрос. Мы стоили деревья только наивными способами и прошли всего два алгоритма их построения, которые сейчас уже практически не используются. Но эти алгоритмы ,как мне кажется, я освоила.