Лиганды в структуре 2GTA
У белка 2GTA имеется только один тип лигандов.
Это ионы натрия (SODIUM ION). Каждая цепь содержит по одному такому лиганду.
Расположение лигандов в структуре 2GTA показано на рисунке 1.
|
Рис.1 Все атомы имеют свои стандартные цвета в программе Jmol.
Атомы углерода - серые, азота - голубые, кислорода красные,
фосфора - оранжевые, натрия - светло-фиолетового.
Весь белок сделан полупрозрачным, кроме лигандов,
которые выделены более крупно и являются непрозрачными структурами.
|
|
| Рис.2 Ширина и высота белка примерно совпадают (около 35 ангстрем, или 3.5 нанометров, или 3.5*10-9 метров),
но длина сильно отличается (приблизительно 75 ангстрем, или 7.5 нанометров, или 7.5*10-9 метров)). Так как лигандами являются ионы
металла их размеры сравнительно с белковой структурой малы.
|
|
Анализ области контакта белка из структуры PDB 2GTA и лиганда SODIUM ION
| Рис.3 Ион натрия связан с тремя молекулами глутаминовой кислоты(37 и 66 и 40)
и молекулой воды(463). Подписаны расстояния в нанометрах между ними. Атомы углерода - серые, азота - голубые,
кислорода - красные, натрия - светло-фиолетового.
|
|
| Рис.3 Схема контактов лиганда с белком, выполненная в программе ChemSketch.
Подписаны остатки глутаминовой кислоты, молекула воды и лиганд - натрий, а также расстояния
от атома натрия до связанных с ним атомов (ангстрем).
|
|
Скрипт для создания рисунков 1 и 3.
